Wojskowe służby specjalne mają podwójną naturę. W czasie pokoju są urzędami podległymi ministrowi obrony, a od ogłoszenia mobilizacji stają się częścią Sił Zbrojnych.12
Pokój
Szefowie SKW i SWW są centralnymi organami administracji rządowej i podlegają ministrowi obrony, z zachowaniem uprawnień premiera (art. 3). Premier powołuje ich na wniosek MON po opinii Prezydenta, Kolegium do Spraw Służb Specjalnych i komisji sejmowej (art. 13), zatwierdza wytyczne ich działania i dostaje roczne sprawozdania (art. 7). Działalność szefów kontroluje Sejm.1
W czasie pokoju SKW i SWW nie należą do rodzajów Sił Zbrojnych; żołnierze zawodowi wyznaczeni na stanowiska w służbach mają uprawnienia funkcjonariuszy (art. 24). Jednostki SKW i SWW mogą wchodzić w skład kontyngentów za granicą (art. 22).1
Mobilizacja i wojna
Z ogłoszeniem powszechnej lub częściowej mobilizacji oraz w czasie wojny obie służby z mocy prawa stają się częścią Sił Zbrojnych; tryb przygotowania określa minister obrony w zarządzeniu niepodlegającym ogłoszeniu (art. 15 ust. 5–6 ustawy o obronie Ojczyzny).2