Dowództwo WOT w Zegrzu szkoli brygady Obrony Terytorialnej i przygotowuje je do działań. Ustawa podporządkowuje je bezpośrednio ministrowi obrony do czasu osiągnięcia pełnej gotowości; zapowiadane na sierpień 2024 roku przejście pod Szefa Sztabu Generalnego przesunięto.234
Dowódca w ustawie
Ustawa z 16 listopada 2016 roku dodała Wojska Obrony Terytorialnej do rodzajów Sił Zbrojnych i ustanowiła Dowódcę WOT. Dowodzi on jednostkami WOT, odpowiada za szkolenie, planowanie mobilizacyjnego i operacyjnego rozwinięcia, gotowość bojową i wsparcie reagowania kryzysowego, w tym przy klęskach żywiołowych.2
Dziś Dowódcę WOT wymienia ustawa o obronie Ojczyzny obok Dowódcy Generalnego i Dowódcy Operacyjnego.5
Podległość
Radio Kraków pisało w 2024 roku, że od 14 sierpnia 2024 roku WOT podlegają Szefowi Sztabu Generalnego. Defence24 relacjonowało jednak, że tego dnia Sztab Generalny przesunął zmianę, a w październiku 2026 roku NIK wciąż zalecała pilne przekazanie WOT pod Szefa SG – czyli przejście nie nastąpiło.647
Jednostki centralne
Poza brygadami Dowództwu podlegają: batalion dowodzenia, Jednostka Wojskowa Działań Niekonwencjonalnych „Gryf”, Centrum Szkolenia WOT w Toruniu, Centrum Szkolenia Łączności i Informatyki w Zegrzu, Szkoła Podoficerska „Sonda” i Ośrodek Reprezentacyjny WOT w Radomiu (orkiestra i kompania honorowa).1